تمامی فرهنگستان ها یک هیأت امنا دارند که ترکیب آن به این شرح است:
- معاون اول رئیس جمهور به عنوان رئیس هیأت امنای فزهنگستان ها
- وزرای علوم، تحقیقات و فناوری؛ بهداشت، درمان و آموزش پزشکی؛ فرهنگ و ارشاد اسلامی
- رؤسای فرهنگستان ها
- دو نفر از دانشمندان و صاحبنظران به پیشنهاد رئیس هر فرهنگستان
وظایف و اختیارات هیأت امنا
- تصویب آیین نامه داخلی
- تصویب نمودار سازمانی فرهنگستان ها
- بررسی و تصویب بودجه پیشنهادی فرهنگستان ها
- تصویب بودجه تفصیلی فرهنگستان ها
- تصویب حساب ها و ترازنامه سالانه فرهنگستان ها
- تصویب نحوه وصول درآمدهای اختصاصی و مصرف آن
- تعیین حسابرس و خزانه دار برای فرهنگستان ها
- کوشش برای جلب کمک های بخش خصوصی و عوائد محلی اعم از نقدی، تجهیزاتی و ساختمانی
- تصویب آیین نامه های مالی و معاملاتی
- پیشنهاد میزان فوق العاده های اعضای هیأت علمی و غیر هیأت علمی (کارشناسان و تکنسین ها)
- تعیین نحوه اداره واحد های تولیدی، خدماتی، کارگاهی و بهداشت درمانی
- تعیین میزان پرداخت حق التحقیق، حق التدریس، حق الترجمه، حق التألیف و نظایر آن
- بررسی گزارش فرهنگستان ها
- تصویب مقررات استخدامی اعضای هیأت علمی فرهنگستان ها
