پیشنهاده طرح های پژوهشی پس از طرح در شاخه­ ها و شورای گروه های علمی مربوط، به معاونت های پژوهشی ارجاع می­ شوند تا در شورای پژوهشی بررسی شوند. در صورت تائید شورای پژوهشی و تصویب نهایی در شورای علمی فرهنگستان، توسط مجریان طرح ها اجرا می­ شوند.

طبق مصوبه یکصد و بیست و دومین جلسه شورای پژوهشی مورخ 19 تیر 1390، طرح هایی در شورای پژوهشی بررسی می­ شوند که با رعایت اهداف و وظایف فرهنگستان، به نیازها و چالش های کلان و موضوعات مهم علمی کشور بپردازند و راهکارهایی برای حل مشکلات و مسائل کلان کشور و همچنین برای مرتفع کردن مسائل مورد ابتلای مردم ارائه دهند. بدین منظور با نگاه خاص به برخی از مواد برنامه­ های توسعه و سند چشم­ انداز بیست ­ساله، محورهای ذیل به عنوان سیاست های کلان پژوهشی فرهنگستان برای بررسی و تصویب طرح ها مدنظر قرار می­ گیرند:

- ارائه روش های علمی در مورد چگونگی پیشرفت یک کشور بر اساس معیارهای علمی و اسلامی

- ارائه روش های علمی برای حل مسائل و مشکلات کلان کشور و تعیین نیازهای آینده

- ارائه روش های توسعه علوم و فناوری